من خلال مشروع بحثي قام به دكتور. سمير مصطفى استمر أكثر من خمس سنوات في الفترة من فبراير 2004 إلى أغسطس 2009 لتطبيق استخدام الفكر المنظومي في التعليم بحيث يمكن تبسيط مفاهيم هذا الفكر ووضعها في إطار مناسب يمكن تعلمه بسهولة للطلبة والتلاميذ في المراحل العمرية المختلفة. هذا وقد تم تقسيم تنفيذ هذا المشروع على عدد من المراحل انتهت كل منها بإصدار دراسة نظرية تم تنشرها في مجلة العلوم التربوية لجامعة القاهرة إلى جانب تصميم وبناء تجربة بحثية تم تنفيذها على تلاميذ إحدى المدارس المصرية (قامت بها الباحثة غادة الشعار للحصول على درجة الدكتوراة) . ويمكن وصف مراحل المشروع على النحو التالي
المرحلة الأولى: وضع الإطار النظري لاستخدام الفكر المنظومي في التعليم والتعلم
المرحلة الثانية: بناء نموذج جديد لتطبيق واستخدام الفكر المنظومي في التعليم
المرحلة الثالثة: تصميم وتنفيذ برنامج لتنمية مهارات الفكر المنظومى لدى التلاميذ
لمرحلة الرابعة: بناء تجربة استخدام البرنامج على عينة من تلاميذ إحدى المدارس
هذا وفي نفس الوقت تم إطلاق عددا من الدراسات في إعادة الهندسة وتطوير النظم باستخدام المنهجية الشاملة الموحدة والتي يتم عرضها هنا في هذا الموقع